Изминали са четири години откакто агентите – преследвачи на същества от чужди светове предотвратиха между – галактическа катастрофа с непредсказуеми последствия. Кей вече се е завърнал към комфорта на цивилния живот, докато Джей продължава да работи за "Мъже в Черно" – стабилно финансирана неофициална правителствена агенция, която контролира всички извънземни форми на живот появили се на Земята. Докато разследва привидно рутинно престъпление, Джей разкрива зъл план, ръководен от Серлеена – отвратително Килотианско чудовище, което се маскира като секси модел на бельо. Това е напрегната надпревара с времето, през която Джей трябва да убеди Кей, който е единствения жив човек, способен да спаси галактиката. Проблемът е, че Кей няма никакъв спомен за времето прекарано в агенцията. Дали той ще се върне отново в агенцията преди Земята да бъде разрушена напълно?