През 25-и век населението на Земята е намаляло до пет милиона души след опустошителен вирус, който почти е довел до изчезването на човешкия род 400 години по-рано. Ограничена в един град- държава, група бунтовници, водена от Хендлър (Франсис Макдорманд), се опитва да унищожи деспотичното правителство, като първата им цел е да убият един от високопоставените служители (Мартон Чокас). Натоварена с тази мисия, Аеон Флукс (Чарлийз Терон) трябва да се интегрира в един свят на измами и разтърсващи тайни.