Нeo научава истината за своята сила и защо е способен да я използва и в реалния свят. Той придобива способността да служи като проводник на много мощен енергиен източник, откъдето идват неговите изключителни сили. Същото става и със силите на алчния агент Смит – до точката, в която той се превръща в по-голяма заплаха за света на машините, който го е създал, от гражданите на Зион, които се борят срещу Армията на машините за оцеляването си. Нео разбира това и за да попречи на Смит да разруши напълно както Зион, така и света на машините, трябва да стигне по-далеч, отколкото си е представял. Загубилият илюзиите си Морфей продължава да вярва, че бившият му ученик ще успее да сложи край на войната, независимо от потресаващото разкритие на Архитекта в Презареждане, че пророчеството на Оракула може просто да е още една от системите за контрол в Света на машините. Не по-малко страстно вярваща в Нео, Тринити е вдъхновена от тяхната дълбока обвързаност и продължава да следва своя път. Получила втори шанс за живот в края на Презареждане, Тринити доверява съдбата си в ръцете на Нео, когато избира да го придружи в Града на машините. Агент Смит за първи път усеща човешки чувства, започва да изпитва гняв и ревност, а егото му направо се развилнява – вече иска да се освободи от Матрицата и се опитва да завладее света...Тъй като егото и мощта на Смит заплашват да превземат и реалния свят, и света на машините, Оракулът избира да помогне на Нео. Формата на Оракула (или "обвивката") е била унищожена, затова тя взима нова форма.