В този филм Роки, Колт и Тъм-Тъм ще трябва да се бият с всички сили, за да спасят местно индианско племе и техния приятел Джоуи. Трите нинджи трябва да помогнат също за намирането на бащата на Джоуи, както и да спрат токсичното обгазяване на земята, от която зависи препитанието на хората, живеещи там. Всичко това няма да се окаже никак лесно, защото градът се управлява от богат безскрупулен човек, който контролира полицията и дори кмета.