Шинкалион са трансформъри – влакове-оръжия, които се превръщат в гигантски роботи, но не всички са добри и полезни. След появата на Черния Шикансен са извършени няколко нападения от тайнствената група на Киторалзерите. В отговор e задействан Ултраеволюционен институт, който ще разследва случаите и връзките на Черния шикансен с влаковете-шинкалиони. Учeникът Хайато Хайасуги е голям фен на железниците, баща му работи в Музей на влаковата компания, но един ден синът му е въвлечен в една от черните атаки и разкрива, че баща му работи в секретния институт. Хайато се оказва отличен водач на шинкалион, заигравайки се с тренировъчно приложение на таблета на баща си, което погрешно приема за мобилна игра. Така момчето влиза в управлението на железопътната мрежа. Въпреки възраженията на Института, че деца не могат да управляват влаковете-шинкалион, Хайато и негови приятели стават основни герои в борбата с агресивните киторалзери. Проблемът е, че всяка технология помага толкова, колкото може и да навреди....